و در دوران كوتاه خلافت خود در كوفه و بصره دانشگاهى بنياد نهاد و بدنبال آن دانشگاه مدينه از زمان امام باقر عليه السّلام بنياد گرفت و بدنبال آن دانشگاه بغداد بوجود آمد كه نام آن در سراسر دنيا تا هنوز زنده است اين سير علمى اسلام كه از زد و خوردهاى نبرد بر كنار بوده و به پژوهش و تحقيق پرداخته متكى بامامان شيعه بوده و سرچشمهء جوشان آن بيانات صادره از ائمهء هر زمانى بوده است كه در دوران امام رضا و تشكيل انجمنهاى بحث و تحقيق در خراسان باوج خود رسيده ولى در اين سير علمى هم طوفانى از مبارزه نظريات علمى و ادبى وجود داشته و رهبران علمى بر سر مسائل علمى بحث و جدل فراوان داشتند كه پايه بروز فرقه‌ها و دستهء بنديهائى در بارهء علم و ادب شده و معتزله و عدليه و مرجئه و قدريه و . . . پيدا شدند و از نظر ادبى بصريين و كوفيين و بغداديان پيدا شدند و بسا اختلاف نظر آنها در مسائل تا مركز حكومت و رسالت هم كشيده شده چنانچه در بارهء مسألهء خلق قرآن مأمون وارد بحث شد و طرفدار معتزله گرديد و بدنبال آن يك شورش سياسى پديدار شد كه احمد حنبل و پيروانش كه مخالف بودند دستگير و زندانى شدند و يك مسأله ادبى در بارهء ما بعد اذا فجائيه كه ميان سيبويه بصرى و كسائى كوفى مورد اختلاف بود بدربار رشيد كشيده شد و با محكوميت سيبويه بر اثر دسته‌بندى طرفداران مخالفان او بدق كردن سيبويه كشيد و البته سياست هر دوره‌اى هم در پيدايش و ترويج يك عقيده علمى از فقه و كلام و ادب بىاثر نبوده ولى بطور كلى در اين قرن دوم اسلامى و يكم خلافت عباسى آزادى عقيده تا آنجا كه در تنگناى سياست نميافتاده روشن بوده و سبب شيوع نظر معتزله و عدليه شده و بسود مذهب شيعه اماميه پيشرفته تا آنجا كه مأمون در اوج خلافت مطلقهء خود بمذهب معتزله گرائيده و شيعه مآب شده و بطرفدارى از خلافت اولاد على و خصوص امام رضا عليه السّلام برخاسته . مسعودى در ص 5 ج 4 مروج نامبرده خود گويد : مأمون ابراهيم بن مهدى معروف بابن شكله عم خود را هجو كرد چون مأمون اظهار تشيع ميكرد و ابن شكله سنى بود و مأمون اين دو بيت را سرود :